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Section de l'Orne


SARS-CoV-2 (le virus) et COVID-19 (la maladie)


Le COVID-19 ou COronaVIrus Disease 2019 est la maladie causée par le Syndrome Aigu Respiratoire Sévère-Coronavirus-2 ou SARS-CoV-2. Coronavirus vient de « couronne » de par l'aspect du virus. Ils sont évidemment différents des virus ADN à double brins (Herpès, papillomavirus, variole).


Les Coronovirus sont des virus ARN (Acide Ribo Nucléique) à simple brin dont le plus célèbre, peut-être jadis, est le Virus poliomyélitique provoquant une maladie redoutable aujourd'hui vaincue par les vaccins Salk -injectable- et Sabin – oral. Un autre virus tristement célébre est le virus de l'immunodeficience humaine (VIH) responsable de la maladie du SIDA (stabilisé par une trithérapie continue sans vaccin toutefois disponible). D'autres affections à ARN simple brin sont connues : Hépatite C, Rougeole, Dengue, fièvre du Nil .


L'ARN est composé de quatre bases azotées organisées de façon variable : Adénine (A), Guanine (G), Cytosine (C), la Thymine(T) de l'ADN est remplacée par l'Uracile (U).


Le SARS-CoV-1 est une affection née en Chine en 2002 – 2004, moins contagieuse que l'actuelle SARS-CoV-2, et semblable à l'épidémie toutefois cantonnée au Pays du Golfe et Moyen Orient (MERS-CoV = Middle-East Respiratory Syndrome-coronavirus) en 2012, au contact du chameau animal vecteur. La plupart des coronavirus (découverts et nommés en 1968 par une équipe américaine) ne sont responsables que de rhumes (229E, NL63, OC43, HKU1 par exemple).


Les Virus existeraient depuis des centaines de milliers d'années. Ils constituent, au repos des éléments, ni actifs ni vivants, prêts cependant à bondir sur l'homme (d'autres coronovirus ont affectés les porcs, les bovins et les volailles). Ils sont des parasites obligatoires et donc pour survivre, ils doivent infecter les cellules vivantes en les pénétrant puis en utilisant les éléments constitutifs de la cellule hôte auparavant saine pour la rendre, « involontairement » mais implacablement, pathologique vouée dans certains cas à la mort cellulaire. Parmi ces infections virales, on peut citer la grippe saisonnière (sa pathogenicité est variable évidemment en termes de létalité et de diffusion : exemple grippe espagnole 1918 – 1919 = 40 millions de morts en Europe Russie incluse, annuellement de 8000 à 10000 morts dans notre pays selon l'adaptation correcte du vaccin au virus incriminé).


Les trois coronavirus sont hautement pathogènes pour l'homme. SARS-CoV-1, le MERS-CoV et maintenant le SARS-CoV-2. Leur paroi (entouré par une capside hélicoïdale comportant le brin d'ARN) est lipidique, leurs spicules correspondent à une « clé » qui permet d'entrer spécifiquement dans les cellules cibles. Après reconnaissance de la « serrure » ou récepteur exprimé à la surface de la cellule par la « clé » virale, le virus va pouvoir entrer dans l'hôte.


Ces épines (ou Spike) sont des protéines. Les protéines Spike du SARS-CoV-1 et SARS-CoV-2 sont porteuses d'un site de liaison avec l'angiotensine (ou récepteur ACE2), situé à la surface des cellules de certains endothéliums de vaisseaux et bronchioles (pulmonaires en particulier). Ces protéines S sont elles-mêmes cibles du système immunitaire humain et pourraient donc constituer une cible vaccinale. Ces « Spikes » s'attachent à un récepteur Angiotensine présent sur les cellules de parois attractives. Ces cellules régulent la tension des vaisseaux pulmonaires. Le virus empêche l'évacuation de cette angiotensine et ainsi occasionne, une accumulation de cytokines qui peut provoquer un choc mortel (cytokinique) qui a bien été constaté avec le COVID-19.


LE VIRUS :


Le virus pour survivre et se multiplier a besoin initialement de se dédoubler (réplication). Il utilise le matériel, les mécanismes et les ingrédients cellulaires cibles. Le cycle infectieux du virus ne survient qu'après la pénétration dans la cellule qu'elle altère provoquant la maladie du COVID-19 dans le cas qui nous intéresse et plus particulièrement si le corps humain ne dispose pas des anticorps naturels qui terrassent le virus.


La réplication s'effectue en 6 étapes :
1. attachement (sur cible spécifique du virus d'une cellule particulière,
2. pénétration par 3 mécanismes (microphagocytose le virus dévore la paroi de la cellule, par fusion des deux enveloppes celle de la cellule et du virus et enfin par fusion et lyse qui taraude un trou ), décapsidation c'est à dire que le matériel génétique d'ARN est libéré dans la cellule),
3. réplication (pour transcription, traduction et dédoublement, assemblable à l'identique),
4. la multiplication, (avec participation de l'ARN polymérase – ARN-dépendante = enzyme réplicase (elle même pourrait être une cible de traitement OUI tout à fait) qui joue le rôle comparable à l'ARN polymérase ADN-dépendante cellulaire qui produit les ARN messagers qui codent les protéines de la cellule,
5. l'assemblage, les génomes s'encapsident de façon simple ou complexe une cellule produit de cent à 1000 virus, avec un cycle viral de 4 à 40h
6. libération (ou expulsion).

Dans les deux premières le brin positif ARN se décompose en brin négatif et se prépare à être recomposé. La 3ème étape est celle où intervient « l'arn polymérase arn dépendante » qui utilise le ribosome cellulaire pour fabriquer au cours des 2 étapes suivantes le nouveau virus (brin négatif puis positif grâce à la réplicase outil de qualité de « l'arn polymérase-arn dépendante »). Le virus nouveau- né sera expulsé hors de la cellule hôte lors de la sixième étape. La cellule hôte « décède » remplie de gènes viraux après avoir donné naissance à de nombreux virus dans un délai variable.


La taille du Virion est de 60 à 145 nm. Pour le SARS-CoV-2, l'ARN est monocaténaire (une chaîne ou brin). Il comporte environ 29000 nucléotides ce qui est très long. Sa réplication (la chaîne ARN se duplique seule et ne dépend pas d'une chaîne ADN préexistante dont l'ARN ne serait que le messager) est sous le contrôle d'une « ARN polymérase, ARN-dépendant ». Ce contrôle de qualité fait l'objet de recherches avec algorithmes informatiques, car son fonctionnement paradoxalement, subit des pauses autorisant des mutations. Par exemple actuellement on sait qu'une variante virale dite 614G aurait renforcé les « spikes » (épines) pénétrants dans la cellule. Un gène a muté sur son emplacement. Pas d'effet supplémentaire dans la contagiosité ou dans la gravité semble-t-il, mais c'est bien la preuve que les mutations survenues depuis la naissance du virus, variante 614D, en Chine sont devenues effectives dans la propagation. Le virus né en Chine n'est déjà plus celui qui sévit en Europe et s'est propagé aux USA. Plus nombreux sont les virus avec la variante 614G, présents dans la cellule saine initialement. Il en existerait déjà deux autres variants. Ces mutations habituelles chez tout virus sont capitales à prévoir. Elles peuvent en effet donner, dans les années à venir, naissance à un CoV-3 ? Tenter de donner à l'algorithme sa puissance calculatrice et donc prédictrice devient alors aisément compréhensible pour l'avenir proche.


L'EPIDEMIE :
La pandémie (épidémie planétaire selon l'OMS) est née en Chine tout le monde s'accorde à en rendre responsable la chauve-souris hôte du virus dormant qui le transmettrait à un hôte intermédiaire (civette ou pangolin) qui lui le transmettrait à l'homme. La contagion peut se faire durant la période d'incubation (de 5 à 15 jours) ou dans la période d'installation de la maladie. Le virus attaque les cellules épithéliales de l'appareil respiratoire supérieur (nez avec agueusie et anosmie, trachée) puis profond (poumons). L'intestin peut être touché, peu les reins et pas l'appareil reproducteur féminin. Les postillons (gouttelettes de Flügge émises lors d'éternuements les plus extériorisées à longue distance, toux, expression orale) sont le vecteur le plus répandu de la transmission.


On constate qu'un système immunitaire naturel provoque l'attaque des virus et peut les vaincre (Lymphocytes cytotoxiques) certains patients font donc des formes mineures. Chez ceux qui manifestent une forme grave ces Lymphocytes protecteurs s'effondrent et le virus a le champ libre. Le corps humain produit des défenses naturelles par l'intermédiaire d'interférons. Existe-il des anticorps produits et durables lors de la maladie qui protégerait l'individu infecté dans le futur ?


La contamination se fait d'être humain à être humain soit directement par les gouttelettes de Flügge (postillons), soit par ces mêmes gouttelettes déposées sur des surfaces métalliques, plastiques sur lesquelles le virus résiste de quelques heures à un ou deux jours. LE R0 (nombre de patients infectés par un individu porteur du virus malade ou porteurs sains) est en général de 2,3 mais peut atteindre dans certains foyers de promiscuité 5,7.


Les gestes barrières sont d'autant plus efficaces que l'on se trouve dans une zone infestée foyer d'infestation (dit « cluster »). Masques, lavage des mains au savon et au gel hydro-alcoolique fréquent, toux dans le creux du coude revêtent une importance préventive capitale. Lors de la parole les gouttelettes de Flügge se propulsent à 1m, 1m50, lors d'un éternuement à 4m (intérêt d'éternuer dans son coude comme pour la toux), lors d'une toux à 3 - 4m d'où l'intérêt de respecter une distance sociale supérieure à 1,5 entre individus dans les zones peuplées. L'application stop COVID à l'heure actuelle semble inappropriée pour de multiples raisons. Elle sera peut-être utile lors d'une prochaine épidémie ou d'une éventuelle reprise de l'épidémie actuelle. Le confinement à la Française a été la règle dans beaucoup de pays et a été moins drastique dans d'autres (masques, gel hydro alcoolique, gants disponibles ?). Ce confinement a contribué à réduire les cas et à endiguer la propagation et à relativiser la pénurie de places en réanimation.


Les effets du confinement sont multiples : sociologique (effets délétères sur les liens et les relations ainsi que le ressenti des anciens), sur l'activité économique (disparition de sites commerciaux, d'entreprises, d'artisanat, licenciements secs), sur le budget de l'État avec le retentissement sur la croissance, l'augmentation de la dette la réduction du PIB et le contre-choc sur des réformes entamées (retraites) qui seront bouleversées, un affaiblissement de l'Etat dont la conduite controversée de la crise a permis la montée de contre-pouvoirs communautaristes irréversibles.


LES PARADES :


Le Vaccin est évidemment une Solution INCONTOURNABLE par « attaque » directe sur la protéine « spike ». Les mutations sont essentielles à prévoir d'où l'intérêt fondamental des algorithmes mathématiques (une intelligence artificielle) pour établir la prévention lors de ces mutations envisagées, évaluer les risques et réaliser éventuellement les vaccins. Un vaccin, MV- SARS-CoV-2, peut tirer profit de la plateforme vaccinale polyvalente basée sur le virus de la rougeole. L'enjeu économique est pharamineux pour le premier sur le marché si il respecte les normes de qualité et de sécurité.


Les anticorps humains sont produits par les Lymphocytes B. Ils en fabriquent lors de leur infestation si il n'existe pas de déficience immunologique préalable. Sélectionner ces anticorps permettra un traitement immunologique. Les DVG (Génomes Viraux Défectueux) fabriqués par les virus et sélectionnés lors du MERS-CoV et du SARS-CoV par un « pipeline » équivalent, permettrait de les sélectionner pour le SARS-CoV-2 et annihiler partiellement ou totalement la population virale infestante.


Les traitements antiviraux se profilent à l'aulne de la trithérapie anti-VIH. Dans le cas du COVID-19 le traitement sera difficile à se mettre en place dans les cas graves les malades à traiter sont en effet à risques.


Le COVID-19 a tué 30 000 personnes en France (67 millions d'habitants), 130 000 aux USA (5 fois plus d'habitants). Les victimes sont plutôt âgées (7ème décile et au-delà), atteints de comorbidité, obésité excessive, diabète, maladies cardiaques ou pulmonaires avancées affections immunodépressives, cancer.


L'AVENIR PREVISIBLE : Sa diffusion se fera rapidement par air et plus lentement mais aussi implacablement par les méga transporteurs de containers.


Le Dr Jean Michel Gal dans l'Orne, le Président du Conseil de l'Ordre des médecins de notre département par son action efficace, constante, ses relais avec les autorités et les structures a contribué de façon indubitable à préserver le département. Tous les médecins hospitaliers et libéraux, généralistes ou spécialistes de l'Orne sont à LOUER et féliciter. Leur exercce a été au-dessus de tout éloge. Il faut toujours comparer et se rendre compte, avec ce qui se passe en Mayenne par exemple, notre département voisin que tout n'est pas aisé. La rigueur des professionnels, TOUS les personnels soignants infirmières, manipulateurs radio (rôle souvent méconnu), kinés, aides-soignants qui sont partie prenante, a contenu l'expansion des foyers. Les administratifs des hôpitaux et EHPAD se sont démenés. Les EHPAD notamment et pas seulement celles de Couterne et de la Chapelle d'Andaine quasiment tous ceux du département ont été épargnés. Le département a été très attentif aux anciens en situation difficile. Ceratins de nos membres Mme Anna Gerbet et Mme Françoise Leblond en particulier ont été vigilantes. Bienvenue au nouveau Directeur Général de l'ARS de Normandie M. Thomas Deroche.
Document préparé par SMLH61, révisé (à l'exception du paragraphe strictement ornais) par Mme Isabelle Imbert, professeur Enseignant Chercheur, à Aix Marseille Université, Habilitée à diriger des recherches, Doctorat de biologie moléculaire, Ingénieur en Génie biologique et microbiologie.
Son implication, ses domaines de recherches et son bagage universitaire devrait la voir bientôt nous rejoindre dans l'Ordre de la Légion d'honneur c'est le voeu que nous formulons.


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